Virologue à l’Institut Pasteur, Étienne Simon-Lorière estime que l’hypothèse d’une émergence naturelle du virus du Covid-19 reste dans la course sans qu’on puisse écarter celle d’une fuite accidentelle du virus d’un laboratoire. L’idée que le virus aurait été « fabriqué » est en revanche peu plausible… Explications.

Étienne Simon-Lorière (crédits : Institut Pasteur).

Plus d’un an après l’apparition du SARS-Cov-2, l’origine du virus provoquant le Covid-19 n’est toujours pas établie. Les dizaines de milliers de tests effectués pour confirmer l’hypothèse d’une zoonose naturelle en identifiant le fameux animal intermédiaire responsable de la transmission du virus de la chauve-souris à l’Homme ne sont à ce stade toujours pas concluants. L’opacité des autorités chinoises ne permettent pas non plus d’enquêter sérieusement sur place pour valider l’hypothèse d’une infection de l’Homme par un coronavirus de chauve-souris – par exemple à l ‘occasion d’un prélèvement – et la circulation de l’épidémie à bas bruit jusqu’à l’explosion de l’épidémie à Wuhan fin 2019. 

De sorte que l’hypothèse selon laquelle un virus d’origine naturelle conservé dans un laboratoire aurait pu s’en échapper accidentellement du fait d’une défaillance de sécurité revient sur le devant de la scène.

Selon Richard Ebright, professeur de biologie chimique à l’Université Rutgers (New Jersey), cette hypothèse est étayée par trois arguments :

1/ L’épidémie est apparue à Wuhan, c’est-à-dire dans une ville ne comportant pas de colonies de chauves-souris rhinolophes qui constituent le réservoir des coronavirus proches du SARS-CoV-2.

2/ L’Institut de virologie de Wuhan (WIV) abrite un laboratoire « P3 » (distinct du laboratoire P4 construit en coopération avec la France) qui mène le plus grand projet de recherche au monde sur les virus de la chauve-souris rhinolophe et possède la plus grande collection au monde de souches de ce type.

3/ Les équipements de protection individuelle et les normes de biosécurité utilisées en Chine exposeraient le personnel de ces laboratoires à un risque très élevé d’infection par un virus ayant les propriétés du SARS-CoV-2.

Même si elle n’est pas prouvée, la thèse de l’accident ne relève pas du complotisme et ne saurait être identifiée aux accusations fantaisistes qui, à partir du mois de janvier 2020, ont commencé sur Internet à viser Bill Gates, le Pentagone, George Soros, Jacques Attali, Yves Lévy (l’époux de l’ancienne ministre de la Santé Agnès Buzyn) ou encore l’Institut Pasteur.

C’est dans ce contexte de diffusion frénétique de fake news complotistes qu’une trentaine de scientifiques du monde entier – dont le virologue allemand Christian Drosten – publiait en mars 2020 dans The Lancet un texte s’alarmant de la menace que « les rumeurs et les informations erronées autour [des origines du virus] » faisaient peser sur le partage rapide, ouvert et transparent des données sur cette épidémie, et condamnant « fermement les théories du complot suggérant que le Covid-19 n’a pas d’origine naturelle ».

En octobre 2020, le virologue Étienne Decroly (CNRS) a évoqué l’hypothèse d’un échappement du virus à la suite d’une ou plusieurs « expériences de « gain de fonction » », une technique consistant à contraindre un virus à évoluer par répétition d’infections sur des animaux de laboratoire ou des cellules mises en culture.

Pour y voir plus clair, Étienne Simon-Lorière, chercheur en virologie à l’Institut Pasteur, a accepté de répondre à nos questions.

Conspiracy Watch : Quelle est l’hypothèse aujourd’hui privilégiée par la communauté scientifique quant à l’origine du SARS-CoV-2, le virus responsable du Covid-19 ?

Étienne Simon-Lorière : Je dirais que l’opinion dominante reste sur l’hypothèse d’une émergence naturelle. L’hypothèse qui est largement écartée est celle d’une fabrication en laboratoire. Reste donc une troisième possibilité, qui est discutée dans la communauté scientifique en ce moment, qui rappelle qu’on ne peut pas entièrement écarter un échappement accidentel d’un laboratoire. On ne parle donc pas d’un virus fabriqué, mais simplement de chercheurs qui auraient récolté un virus en faisant des prélèvements sur les chauves-souris, qui auraient mis ce virus en culture pour faire des analyses et qui, par accident, se seraient contaminés et auraient ainsi lancé l’épidémie. L’explication la plus simple, c’est donc celle d’un virus qui était naturellement présent chez les chauves-souris et qui a fini par arriver chez l’Homme, soit en passant par un autre animal, soit en passant par une personne qui l’a manipulé. Et si on doit lister toutes les possibilités, cette personne pourrait être un individu quelque part en Chine qui a besoin de nourrir sa famille en vendant des animaux vivants sur un marché, mais aussi potentiellement un technicien dans un laboratoire qui s’est renversé quelque chose sur lui et a ensuite contaminé ses proches.

CW : Quels arguments plaident dans un sens ou dans l’autre ?

É. S-L : Il n’y a pas d’éléments scientifiques qui permettraient de différencier une zoonose naturelle d’une contamination accidentelle dans un laboratoire. En revanche, aucun argument ne plaide dans le sens d’une fabrication en laboratoire. On observe un virus qui, sur des aspects clés de son fonctionnement, ne ressemble pas à ce qui était connu par la science jusqu’alors, par exemple sur sa façon de se lier à son récepteur pour entrer dans nos cellules ou sur la question de la furine [voir plus bas – ndlr]. Si c’était quelque chose qui avait été inventé, on peut faire le raisonnement inverse et se demander comment une personne aurait pu penser qu’en mettant quelques lettres dans cet ordre, cela allait donner un virus fonctionnel.

CW : Ce que vous voulez dire, c’est que le SARS-CoV-2 a un fonctionnement auquel aucun être humain n’aurait jamais pu penser de lui-même logiquement ?

É. S-L : Exactement, du moins sur la base des connaissances internationales sur cette famille de virus à l’époque. Cependant, si c’est quelque chose qui s’est fait sans intervention humaine directe, par exemple si le virus a été isolé à partir de chauve-souris dans une grotte et que celui-ci a été cultivé en laboratoire pour l’étudier, peut-être en le cultivant en parallèle avec un autre virus dans un même tube et que des échanges de matériel génétique ont eu lieu – c’est ce qu’on observe très souvent dans cette famille de virus –, sans intervention humaine, il n’est pas possible de le détecter. Mais c’est aussi, précisément, ce qui arrive extrêmement souvent dans la nature, comme on le voit en étudiant les séquences de coronavirus détectées dans de nombreuses espèces de chauve-souris, et dont, à ce stade, nous n’avons clairement échantillonné qu’une toute petite partie.

CW : Pourquoi la thèse d’une éventuelle fuite de laboratoire, qui était plutôt écartée par la communauté scientifique il y a un an, est-elle aujourd’hui davantage acceptée ?

É. S-L : Il est malheureusement possible que ce soit en grande partie des problèmes de formulation : les personnes qui avaient listé les possibles événements ayant conduit à cette émergence ont immédiatement associé la thèse du laboratoire avec celle d’une fabrication intentionnelle, pour laquelle on n’a clairement aucun élément. Le mot « laboratoire » a tout de suite été associé à une idée d’intentionnalité, de volonté. Il y a donc eu une réaction assez hostile à l’égard des théories liant l’origine du virus à un laboratoire. Peut-être que si les gens avaient mieux différencié la thèse d’un virus fabriqué en laboratoire à dessein, presque unanimement rejetée par la communauté scientifique, de celle d’une fuite accidentelle d’un virus naturel, cette dernière serait restée dans la discussion. C’est comme ça qu’on en est arrivé à cette vision peut-être un peu trop centrée sur « c’est naturel un point c’est tout », alors que la thèse de la fuite d’un laboratoire aurait dû être maintenue dans la liste des scénarios plausibles. Mais quoi qu’il en soit, il faut explorer ces questions par le biais d’une enquête.

CW : Voilà donc comment la thèse du laboratoire s’est retrouvée cantonnée aux complotistes ?

ESL : Exactement, c’est comme ça que je l’interprète.

CW : Que dire des thèses du professeur Montagnier qui, en avril 2020, a été le grand vecteur en France de la thèse d’une fabrication en laboratoire ?

É. S-L : Voilà exactement l’exemple de quelqu’un qui a contribué à décrédibiliser la thèse du laboratoire en avançant des choses sans fondement sur le plan scientifique. Le Pr Montagnier défendait précisément cette idée d’une conception en laboratoire à dessein, résultant d’une manipulation humaine. Et c’est ça qui ne tenait pas.

CW : Il parlait d’ajout de séquence d’autres virus…  Comment était-il arrivé à cette conclusion et en quoi est-elle défaillante ?

É. S-L : Il évoquait notamment des séquences génétiques issues du VIH. En fait, il avait notamment relayé les analyses de chercheurs d’Inde avec trop peu d’expertise et qui ont par la suite rétracté leurs travaux lorsque les erreurs méthodologiques leur ont été présentées. En regardant des petits fragments du génome du SARS-CoV-2, ces chercheurs avaient retrouvé les mêmes dans le génome du VIH. C’était vraiment l’équivalent d’une recherche « Ctrl+F » dans Word… Il n’y a que quatre lettres dans le code génétique, ATCG ou AUCG pour les virus à ARN. Donc si on prend juste un enchaînement de 8-10 lettres comme ils l’ont fait, le hasard peut très facilement faire qu’on retrouve un enchaînement identique ailleurs, dans une plante, une bactérie ou, ici, dans le VIH. Quelques lettres enchaînées sur un élément qui en compte près de 30 000, c’est quelque chose qui, de manière stochastique, arrive très fréquemment.

>>> Lire, sur Conspiracy Watch : Le prix Nobel du complotisme (19/04/2020)

CW : Pourquoi la communauté scientifique a au contraire plaidé quasi unanimement pour la thèse de l’origine animale ?

É. S-L : Tout simplement parce que pour les autres coronavirus, on sait que ce sont typiquement des zoonoses, des pathogènes issus d’animaux qui ne rendent pas nécessairement malades. On sait que cette famille de virus a des très proches cousins chez les chauves-souris, voire des virus quasiment identiques, par exemple pour le SRAS ou pour le MERS. Donc même s’il y a eu un passage par la case laboratoire, que ce soit avec ou sans modifications, il est irréfutable de dire que ce virus est à la base d’origine animale. Il vient très vraisemblablement de la chauve-souris, avec ou sans animal intermédiaire, question sur laquelle on n’a pas encore de certitude.

 CW : On a entendu dire qu’il existait des marqueurs génétiques laissés par un virus fabriqué artificiellement, qui permettraient de l’identifier très clairement comme tel, et que justement le SARS-CoV-2 en était dépourvu. D’autres scientifiques, Étienne Decroly par exemple, ont remis récemment ce point en question en affirmant qu’un virus fabriqué pouvait également ne laisser aucune trace. Pouvez-vous nous expliquer ?

É. S-L : Historiquement, quand des gens reconstruisaient des virus ou des gènes artificiellement, ils avaient besoin de mettre dans la séquence génétique des composants qui permettent aux divers éléments de pouvoir s’emboîter, comme des pièces de Lego. Et ces composants laissent des traces dans le génome. Or, là, la communauté scientifique est a priori d’accord sur le fait qu’il n’y a pas de traces de ces éléments, rien dans le génome du virus qui suggère ce genre de manipulation. Mais depuis plusieurs années, de nouvelles techniques se sont popularisées, y compris la synthèse de gènes « de novo » par exemple, qui pourraient permettre de recréer un génome complet sans laisser la moindre trace d’assemblage artificiel. Étienne Decroly et d’autres ont donc raison sur ça : avec ces tous derniers progrès, il est clairement possible de fabriquer un virus qui ressemblerait à quelque chose d’entièrement naturel, sans aucun marqueur d’artificialité, tant qu’on connait sa séquence.

CW : Donc ceux qui disent qu’un virus fabriqué par l’homme devrait obligatoirement avoir laissé des marqueurs, sont un peu « dépassés » ?

É. S-L : En quelque sorte, oui. Ils ne sont peut-être pas au fait de ce qui se fait en ce moment. Cependant, il y a un argument fort qui va à l’encontre de l’hypothèse d’une fabrication humaine, c’est le fait que le SARS-CoV-2 présente de multiples éléments qui n’avaient pas été observés jusqu’alors : par exemple, la méthode que ce virus utilise pour se coller à son récepteur est distincte de celle que son cousin le SRAS utilisait. Il est ainsi très difficile d’imaginer comment des personnes, même les plus à la pointe dans ce domaine, auraient pu imaginer créer une telle combinaison.

CW : Pourquoi ?

É. S-L : Prenons une comparaison : imaginez un poing fermé et une main qui viendrait se coller par-dessus, qui va le toucher au niveau des phalanges, du pouce et de la paume. Disons que ça, c’était la façon dont il avait été montré que certains virus de cette famille se collaient au récepteur. Dans le cas du SARS-CoV-2, on a exactement le même poing, mais cette fois la main qui vient s’y coller entre en contact juste avec l’index et une autre partie de la paume. Or je ne vois absolument pas comment quelqu’un aurait pu se dire qu’un tel moyen de liaison était possible, sans en avoir aucun exemple existant dans la nature. C’est d’une complexité incroyable, la combinaison d’un nombre considérable d’acides aminés, dont la moindre micro-variation pourrait changer la forme de la protéine d’une façon même légère et faire qu’elle ne puisse pas s’accrocher au récepteur efficacement.

Il y a aussi l’exemple du motif de clivage par la furine, qui est beaucoup discuté dans les théories du complot et parfois cité comme l’indication d’une manipulation dans cette séquence. La furine est une enzyme qui permet de couper une protéine lorsqu’elle reconnait un motif. Pour de nombreux virus, c’est un processus qui est absolument nécessaire à leur maturation. Or, le SARS-CoV-2 présente un motif de coupure par la furine qui est différent de ceux parfois observés dans d’autres coronavirus plus distants, et qui n’a pas été observé chez les membres de la famille proche du SRAS et du SARS-CoV-2 trouvés jusqu’ici. Certains se sont dit qu’on avait peut-être pris un coronavirus et qu’on lui avait ajouté ce motif de furine pour le rendre plus réplicatif ou plus virulent. Mais en pratique, la séquence de ce motif chez le SARS-CoV-2 est originale, de sorte qu’il est très difficile d’imaginer qu’un scientifique aurait choisi cette séquence (sans savoir si elle serait bien reconnue) et non un motif furine observé dans les coronavirus déjà décrits.

CW : Ça aurait donc été une toute première mondiale que quelqu’un se soit dit : « tiens je vais faire comme ça et ça va fonctionner » ?

É. S-L : Oui et c’est une stratégie qui aurait été très hasardeuse : c’est tellement compliqué et coûteux d’essayer de recréer un virus que personne n’aurait eu l’idée saugrenue de tenter une telle combinaison au hasard. Mais c’est un argument qui a aussi ses limites car cela impliquerait que des scientifiques qui travaillent sur les coronavirus depuis des années auraient en fait découvert un ou des coronavirus qui fonctionnent avec ce motif de furine, mais n’auraient jamais partagé aucune information à ce sujet avec leurs pairs.

CW : Mais cette hypothèse signifierait que le laboratoire de Wuhan aurait été le seul au monde à avoir ces informations, donc qu’il était très en avance sur la recherche mondiale ?

É. S-L : Non seulement ça, mais qu’en plus ils ne les auraient jamais publiées. Or, partout dans le monde, il y a toujours cette pression permanente de devoir publier les résultats de ses recherches, pour pouvoir être visible scientifiquement et montrer son expertise. C’est tout aussi vrai pour la Chine. Ça aurait donc été très étonnant, s’ils l’avaient découvert, qu’ils n’aient jamais rien publié sur ce sujet…

CW : Pensez-vous que l’on pourra un jour avoir la réponse à la question de l’origine du SARS-CoV-2 ?

É. S-L : Je n’en suis pas du tout convaincu… Déjà parce que c’est un jeu d’aiguille dans une botte de foin : il faudrait être très chanceux pour aller échantillonner une chauve-souris, ou un autre animal vecteur éventuel qui porterait exactement le virus qui est le cousin le plus proche de celui qui circule. C’est déjà une chance incroyable qu’on ait réussi à trouver celui correspondant au SRAS. Si on prend l’exemple d’Ébola, qui a énormément intéressé les scientifiques et pour lequel de très nombreuses recherches ont été faites, on n’a encore jamais réussi à trouver une seule chauve-souris porteuse du virus Ébola qui a sévi en Afrique de l’Ouest. Ce ne sont que des preuves indirectes qui nous font penser qu’elles sont aussi le réservoir. Les autres aspects comme l’hypothèse d’une fuite de laboratoire me dépassent et doivent être approfondis dans le cadre d’une enquête.

CW : Quelle est votre opinion personnelle sur la question ?

É. S-L : Je suis assez pessimiste sur la possibilité qu’on ait un jour les véritables réponses à ce mystère qu’est l’origine du SARS-CoV-2… La chose importante est de comprendre que quoi qu’il se soit passé, il y a clairement eu un passage d’un virus animal à l’Homme et qu’il faut tout faire pour essayer de limiter ce genre de risque, d’une part en renforçant la sécurité des laboratoires s’il y a le moindre doute sur les pratiques en place, et plus généralement en s’assurant que les gens qui manipulent des animaux qui sont de potentiels vecteurs le fassent dans des meilleures conditions. Parce qu’on se rend compte avec toutes les études qui sont faites qu’il y a des dizaines, voire des centaines de coronavirus, et nous ne sommes pas à l’abri qu’un autre ne soit pas capable de faire le même petit trajet et de se transmettre lui aussi aux êtres humains. Il est vraiment important que des mesures de sécurité sanitaire durables soient mises en place et appliquées partout dans le monde.