L'affaire des emplois présumés fictifs au MoDem, pour laquelle une enquête préliminaire pour « abus de confiance et recel de ce délit » a été ouverte le 9 juin dernier, est-elle due à une machination visant en réalité le projet de loi sur la moralisation de la vie publique ? C'est ce que semble suggérer François Bayrou dans un entretien accordé à Sud Ouest au lendemain de sa démission du gouvernement :

« Tout cela ne vient pas par hasard. Un certain nombre de forces, de puissances qui détestent l'idée d'une loi sur la moralisation de la vie politique agissent. Vous allez les voir ressortir immanquablement tout du long. »

Pour l'hebdomadaire Challenges (une publication détenue et dirigée par Claude Perdriel, qui avait affirmé publiquement, il y a quelques mois, son soutien à Emmanuel Macron), « le MoDem joue à fond la carte du complot ».

Matthieu Lamarre, ancien permanent du MoDem dont le témoignage anonyme a déclenché l'ouverture de l'enquête par le Parquet de Paris, affirme que des eurodéputés Modem auraient rémunéré avec des fonds européens des collaborateurs qui, dans les faits, travaillaient pour le parti.

Interrogé il y a trois mois sur l'affaire Fillon, François Bayrou avait déclaré que « la théorie du complot est un enfermement. [...] Chaque fois qu'il y a le dévoilement de pratiques ou d'attitudes qui sont en infraction avec la loi ou avec la décence, vous avez celui qui est visé qui dit : « cela est un complot contre moi » ».